Berdirinya Madrasah Tsanawiyah Syubbanul Wathon merupakan harapan dan cita-cita dari Pendiri Yayasan Syubbanul Wathon KH. Abd. Chudlori (alm) tentang lembaga di Yayasan Syubbanul Wathon yang tidak hanya mampu mendalami ilmu-ilmu umum namun juga mampu memiliki kemampuan khazanah keilmuan agama yang mendalam sebagaimana telah berlaku di Pondok Pesantren API Tegalrejo.

Dengan jenjang pendidikan berkelanjutan dari Madrasah Tsanawiyah ke Madrasah Aliyah di Syubbanul Wathon yang ditempuh selama 6 tahun, maka program Pendidikan ini merupakan kawah candra dimuka bagi santri yang ingin memperdalam ilmu agama dengan integrasi dan interkoneksi dengan keilmuan umum.

Kurikulum pembelajaran yang diimplementasikan di Madrasah Tsanawiyah Syubbanul Wathon merangkum kurikulum nasional dan kurikulum salaf. Hal ini tampak pada perbekalan madrasah yang diberikan para santri, yakni dengan memasukkan kajian kitab kuning yang memuat beberapa disiplin ilmu agama seperti Ilmu Alquran, Ilmu Hadits, Fiqih, Gramatika Bahasa Arab (Nahwu Shorof), Tarikh Islam, dan Aqidah Akhlak.

Sebagai lembaga pendidikan formal berbasis salaf, maka kehadiran Madrasah Tsanawiyah Syubbanul Wathon diharapkan mampu menjadi tumpuan utama dalam peningkatan kualitas keislaman masyarakat dengan dipadukan keilmuan umum lainnya.

Meski terbilang muda karena berdiri pada tahun 2019, Madrash Tsanawiyah Syubbanul Wathon telah menunjukkan prestasi-prestasi gemilang di tingkat nasional. Madrasah Tsanawiyah Syubbanul Wathon berkomiten terus berpacu mengupayakan yang terbaik mencetak generasi intelektual islami yang bermoral dan mampu menjadi agen perubahan di tengah masyarakat.